El análisis de metabolomas, como cuando se rastrean marcadores biológicos de enfermedades, se realiza en diferentes áreas de la medicina, ya sea en investigación básica o bien en estudios clínicos. Para este tipo de análisis se suelen utilizar sistemas GC-MS de simple cuadrupolo, ya que permiten una separación cromatográfica superior y ofrecen análisis de gran estabilidad.

Sin embargo, las muestras biológicas suelen incluir numerosos metabolitos y matrices complejas, lo que puede dificultar la separación con un instrumento de estas características. Un sistema GC-MS/MS de triple cuadrupolo, en cambio, realiza una separación MS por duplicado, lo que permite eliminar los efectos de los componentes de interferencia y así realizar análisis de una mayor variedad de metabolitos.