Existen dos tipos principales de rotores de flujo continuo: uno se utiliza para ultracentrífugas y el otro se utiliza para centrífugas refrigeradas de alta velocidad. Los rotores de flujo continuo para centrifugadoras refrigeradas de alta velocidad se utilizan para la separación de partículas a nivel celular (es decir, separación de partículas de tamaño micrométrico) y los rotores de flujo continuo para ultracentrífugas se utilizan para separar partículas de tamaño submicrónico tales como virus.

Un ejemplo de utilización de los rotores de flujo continuo para la separación de partículas a nivel celular es la cosecha de E. coli. Esta bacteria, se usa en muchos campos biológicos, por ejemplo, con el propósito de generar productos deseados para modificación su genética.
A continuación se muestra un ejemplo de experimento sobre centrifugación continua de varias decenas de litros de suspensión de cultivo de E. coli utilizando un rotor de flujo continuo para una centrífuga refrigerada de alta velocidad.