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La técnica proteómica SWATH Acquisition se pone a disposición de la comunidad científica mundial

Los datos independientes adquiridos con la técnica SWATH Acquisition en el Sistema 5600 TripleTOF permite la cuantificación proteómica a escala global. El método fue publicada en “Proteómica Celular y Molecular”

La técnica proteómica SWATH Acquisition se pone a disposición de la comunidad científica mundial

Científicos de la ETH Zurich, junto con AB SCIEX, líder mundial en tecnologías analíticas para las ciencias de la vida, completaron su desarrollo de MS/MS ALL con la técnica SWATH Acquisition , una innovadora técnica de espectrometría de masas aplicada a la proteómica que cuantifica casi todos los péptidos y proteínas en una muestra de un solo análisis. El método fue publicado este año en la revista científica “Proteómica Celular y Molecular”.

La cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas en tándem (LC-MS/MS) es ampliamente utilizada por los investigadores en proteómica, pero los métodos actuales no proporcionan la velocidad, exactitud cuantitativa, especificidad, sensibilidad y reproducibilidad que se necesitan para producir mapas completos del proteoma y sistemas cuantitativos para sistemas biológicos.

Por primera vez, la técnica de SWATH Acquisition utiliza un método MS/MS de adquisición de datos independientes para generar mapas de fragmentos de iones sistemáticamente completos, y de alta especificidad, que se pueden consultar para determinar la presencia y cuantificar cualquier proteína de interés, utilizando una estrategia de análisis de datos de destino.

El nuevo método depende de un avanzado espectrómetro de masa híbrido cuadrupolo-tiempo de vuelo, el sistema 5600 TripleTOF de AB Sciex. La combinación única de la resolución, masa de alta precisión y ultra-altas tasas de adquisición espectral de MS/MS nos dice que es el único espectrómetro de masas en el que el método se puede realizar de manera eficiente.

La técnica SWATH Acquisition, con el Sistema TripleTOF 5600, es una extensión de la funcionalidad AB Sciex MS/MS ALL, que pronto estará disponible en el mercado y ha sido desarrollado en el marco de una colaboración entre AB Sciex y Dr. Ruedi Aebersold y su equipo de ETH Zurich.

“La técnica de SWATH Acquisition nos permite explorar conjuntos de datos multiplexados MS/MS a un nivel que no era posible con los enfoques tradicionales de la agrupación o de bases de datos”, dijo Ruedi Aebersold, Ph.D., Profesor del Instituto de Biología Molecular de Sistemas en el Instituto Federal Suizo de Tecnología (ETH Zurich). “Al colaborar con AB Sciex para desarrollar la técnica en el TripleTOF 5600, hemos hecho que este método sea un avance disponible para investigadores en proteómica y que deben llevar a cabo la cuantificación global sobre todo el proteoma”

La técnica genera datos muy específicos de fragmentos de iones de todos los precursores de la gama observada. A diferencia de los enfoques tradicionales de adquisición, esta técnica no se basa en la detección de masas de iones precursores para activar la adquisición MS/MS. En su lugar, se fragmentan sistemáticamente todos los componentes de una muestra a través de una ventana de selección que se mueve rápidamente.

A partir de los datos resultantes, varios cromatogramas de alta resolución de los fragmentos de iones para cada péptido de interés pueden ser extraídos para identificar el péptido objetivo, como en control de la reacción seleccionado o múltiples reacciones (SRM/MRM). Trabajando con bibliotecas de fuentes de iones públicas como MRM Atlas, o generadas internamente a través de software de búsqueda en bases de datos como Protein Pilot Software, los investigadores pueden consultar la base de datos una y otra vez para los datos cuantitativos de péptidos/proteínas de interés. La técnica proporciona un archivo cualitativo y cuantitativo completo de la muestra y puede ser consultado retrospectivamente “in silico” a medida que se desarrollan nuevas hipótesis.

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